Les auditories internes que van arribar a l'Executiu tripartit des de 2004 advertien d'anomalies, algunes greus, segons explica El País, que afegeix que la intervenció del Departament d'Economia i Hisenda va trobar sortides de diners la justificació dels quals era insuficient i factures per treballs que no van ser contractats. Així i tot, el dictamen dels auditors sempre va ser favorable.

Només en els dictàmens que van arribar el 2003 i 2004 (corresponents als exercicis 2002 i 2003, respectivament) els auditors van expressar objeccions. En els anys següents no ho van fer, a pesar que en l'anàlisi dels comptes advertien que no s'havien esmenat moltes irregularitats detectades en exercicis anteriors.

D'aquesta manera, es van denunciar diferents pagaments sense justificar. L'auditoria detecta quatre pagaments el 2003 a l'Associació Orfeó Català que sumen 81.903 euros i que no estan suficientment justificats.

També es va alertar sobre factures de treballs sense contractar. Les empreses FM2, Alliver i Triobra van cobrar diverses factures en 2003 per obres i treballs de manteniment que mai es van contractar. Finalment també es van fer concursos il·legals. Cap encàrrec de 2006 complia la llei: no hi havia concurs i, en ocasions, ni contracte.